질병휴직 중 4대보험 건강보험 국민연금 고용보험 납부유예와 복직 퇴사 처리방법
직장인이 질병이나 부상으로 장기 휴직을 하게 되면 가장 헷갈리는 부분 중 하나가 바로 4대보험 처리다.
단순히 휴직신고만 하면 끝나는 게 아니라 건강보험, 국민연금, 고용보험 각각의 신고 절차와 납부 방식이 다르기 때문이다.
특히 휴직이 무급인지 유급인지, 복직 예정일이 변경되는지, 혹은 퇴사로 이어지는지에 따라 처리 흐름도 달라지기 때문에 2025년 현재 기준으로 각 보험별 납부유예와 복직·퇴사 시 처리방법을 정리해봅니다.
1. 건강보험｜휴직 중 납입고지 유예, 복직 시 해지신청 필수
질병휴직으로 급여가 중단되면 건강보험료는 ‘납입고지 유예’로 처리할 수 있다.
이 제도는 말 그대로 보험료 납부를 잠시 미루는 것으로, 복직 후 다시 정산이 이루어진다.
신청은 국민건강보험공단의 EDI 시스템을 통해 진행된다.
핵심 포인트
- 신청 시기 : 휴직 시작 전 또는 당일
- 유예 적용일 : 휴직 시작일
- 해지 예정일 : 복직 전날
- 해지일 : 복직일 (예: 6월 1일 복직이면 해지일은 6.1)
휴직이 월 중에 시작되면 그 달 보험료는 부과되고, 익월부터 유예가 적용된다. 복직이 월 중이라면 복직월 보험료는 익월 정산으로 부과된다.
| 구분 | 적용 가능 여부 | 예외 또는 유예 조건 | 처리 방법 | 복직 시 조치 | 비고 |
|---|---|---|---|---|---|
| 건강보험 | ✅ 납입고지 유예 가능 | 무급 질병휴직자 또는 급여 50% 미만 수령자 | 국민건강보험 EDI에서 납입고지 유예신청서 제출 | 복직 시 유예 해지신청 후 정산(약 50%) | 유예는 면제가 아님, 월 중 휴직 시 당월 보험료 부과 |
| 국민연금 | ✅ 납부예외 가능 | 무급휴직 또는 기준소득월액의 50% 미만 급여 수령 | 국민연금공단 EDI 또는 지사에 납부예외신청서 제출 | 복직 시 자동 종료 (별도 정산 없음) | 납부예외 기간은 연금가입기간에서 제외됨 |
| 고용보험 | ⚙️ 휴직신고 시 보험료 유예 | 질병휴직으로 근로 제공이 없는 경우 | 고용·산재보험 EDI → 근로자 휴직신고 | 복직 시 자동 재개 (정산 없음) | 피보험 자격은 유지됨, 별도 해지신청 불필요 |
| 산재보험 | ⚙️ 휴직기간 중 부과 중단 | 근로 제공이 없는 질병휴직자 | 고용·산재보험 EDI → 휴직 신고 시 자동 반영 | 복직 시 자동 부과 재개 | 산재보험은 사업주 전액 부담, 유예가 아닌 부과 중단 |
| 장기요양보험 | 🔄 건강보험과 동일 적용 | 건강보험 납입유예 승인 시 자동 유예 | 별도 신청 불필요 | 복직 시 건강보험 정산 시 함께 반영 | 단독 감면·유예 신청 불가 |
| 소득세 및 지방세 | ❌ 예외 없음 | 질병휴직이라도 근로계약 유지 시 원천세 대상 | 급여 없으면 부과 없음 | 복직 시 정상 신고 | 회사가 원천세 신고 주체 |
무급휴직이라면 유예기간 보험료의 약 50%만 정산되고, 유급휴직이라면 해당 기간 동안 신고된 보수 기준으로 보험료가 다시 계산된다.
복직 또는 퇴사 시 유의할 점
- 복직 시 : 반드시 ‘납입고지 유예 해지신청서’를 제출해야 정산이 반영된다.
- 퇴사 시 : 유예 해지신청 후 상실신고 순서로 진행해야 오류 없이 승인된다.
| 구분 | 주요 내용 |
|---|---|
| 신청경로 | 국민건강보험 EDI → 직장가입자 → 납입고지 유예/해지신청 |
| 유예 대상 | 질병휴직, 무급휴직, 육아휴직 등 |
| 복직 시 처리 | 납입고지 유예 해지신청 후 정산 (약 50% 감면) |
| 퇴사 시 처리 | 유예 해지신청 후 상실신고 |
| 비고 | 월 중 휴직 시 당월 부과, 익월부터 유예 적용 |
2. 국민연금｜무급 휴직만 납부예외 가능
국민연금은 모든 질병휴직자가 예외로 처리되는 건 아니다.
소득이 전혀 없거나 기준소득월액의 50% 미만인 경우에만 ‘납부예외 신청’을 할 수 있다.
유급휴직이라면 일부 급여가 지급되므로 납부 대상이 된다.
신청 방법
- 경로 : 국민연금 EDI 또는 공단 지사 방문
- 신청기한 : 휴직 시작월의 다음 달 15일까지
- 적용기간 : 승인일로부터 복직 전일까지
- 복직 시 : 자동 종료, 별도 정산 없음
이 기간은 연금 가입기간에서 제외되므로
장기적으로 연금 수급액이 소폭 줄어든다.
다만 추후납 제도를 활용하면 복직 후 미납분을 다시 납부해
연금 수급기간을 회복할 수도 있다.
| 구분 | 주요 내용 |
|---|---|
| 대상 | 무급 또는 급여 50% 미만 질병휴직자 |
| 신청경로 | 국민연금공단 EDI / 방문 |
| 예외기간 중 부과 | 없음 |
| 복직 시 | 자동 종료 (정산 없음) |
| 참고 | 예외기간은 가입기간에서 제외됨 |
3. 고용보험·산재보험｜휴직 신고로 부과 중단, 복직 시 자동 재개
고용보험과 산재보험은 휴직 중에는 근로 제공이 없기 때문에 보험료가 부과되지 않는다.
사업주는 EDI 시스템을 통해 ‘근로자 휴직신고’를 해야 하며, 신고가 완료되면 휴직기간 동안 보험료 납부가 자동 유예된다.
별도의 납부예외 신청은 필요 없고, 복직 시 자동으로 보험료 부과가 재개된다.
산재보험은 원칙적으로 근로가 없으면 부과 자체가 없기 때문에 정산 절차도 생략된다.
퇴사 시에는?휴직 후 복직하지 않고 퇴사할 경우, 상실신고만 하면 된다.
이직확인서를 작성할 때는 반드시 ‘기준기간 연장 사유: 질병·부상’을 기재해야 실업급여 산정 시 불이익이 없다.
| 구분 | 주요 내용 |
|---|---|
| 신고경로 | 고용·산재보험 통합 EDI → 근로자 휴직 등 신고 |
| 휴직 중 부과 | 없음 (자동 유예) |
| 복직 시 | 자동 부과 재개 (정산 없음) |
| 퇴사 시 | 상실신고로 종료 |
| 비고 | 이직확인서 기준기간 연장 탭에 질병휴직 기간 입력 필수 |
4. 복직 또는 퇴사 시 처리 순서 정리
질병휴직 후 복직이나 퇴사로 전환될 때는 신고 순서를 잘못 잡으면 시스템 오류나 정산 누락이 발생할 수 있다.
아래 순서대로 진행하면 깔끔하게 마무리된다.
| 구분 | 신고 순서 | 비고 |
|---|---|---|
| 복직 시 | ① 건강보험 납입고지 유예 해지신청 → ② 복직신고(정산 반영) | 유예 종료일 = 복직일 전날 |
| 퇴사 시 | ① 건강보험 유예 해지신청 → ② 상실신고 → ③ 이직확인서 제출 | 고용보험 이직사유 ‘질병’ 명시 |
| 국민연금 | 별도 해지신청 없이 상실신고 | 납부예외 자동 종료 |
| 고용·산재보험 | 휴직 종료 후 상실신고 | 별도 정산 없음 |
5. 질병휴직 중 4대보험 신고 및 납부유예 방법｜복직·퇴사 시 유의점
2025년 현재 4대보험 시스템은 대부분 EDI 자동연동으로 되어 있다.
하지만 입력 날짜나 신고 순서를 잘못 넣으면 복직 후 정산금이 과다하게 청구되거나,
퇴사 시 상실신고가 반려되는 사례가 여전히 많다.
실무자가 꼭 기억해야 할 유의점 5가지
- 신청·해지 날짜는 하루 차이로 정산금이 달라진다.
종료일 하루 전을 해지예정일로, 종료 다음 날을 해지일로 기입하는 것이 원칙이다. - 무급이라도 신고 누락 시 정산 오류가 발생한다.
보수가 없을 땐 “0원 신고”를 꼭 입력해야 한다. - 건강보험은 ‘유예’이지 ‘면제’가 아니다.
복직 시 정산이 반드시 이루어진다. - 국민연금은 신청기한을 넘기면 소급 예외 불가.
반드시 휴직 시작월의 다음 달 15일까지 신청해야 한다. - 이직확인서 질병사유 누락은 실업급여 불이익.
질병휴직 기간을 반드시 기준기간 연장 항목에 넣어야 한다.
6. 정리하며
질병휴직은 단순한 근무 중단이 아니라 행정적 관리가 함께 따라와야 하는 기간이다.
특히 건강보험과 국민연금의 납부유예·예외 신청은
신청 시점과 서류 순서가 핵심이다.
복직 시에는 해지신청 → 복직신고,
퇴사 시에는 해지신청 → 상실신고 → 이직확인서 제출
이 순서를 반드시 지켜야 불필요한 정산이나 반려 없이 깔끔하게 처리된다.
건강이 최우선인 시기지만, 행정적인 실수를 줄이는 것이복귀 이후의 불이익을 막는 가장 확실한 방법이다.
질병휴직 중 4대보험 FAQ — 놓치기 쉬운 부분만 모았다
질병휴직 중 건강보험 피부양자로 전환할 수 있을까?
직장가입자 자격이 유지되는 상태에서는 피부양자 전환이 원칙적으로 불가능하다.
다만 무급 질병휴직으로 보험료 부담이 과중한 경우, 퇴사 후에는 가족의 피부양자로 전환할 수 있다.
단, 전환 시점 이전에 반드시 건강보험 납입고지 유예 해지 및 상실신고가 선행되어야 하며, 퇴사 다음날부터 피부양자 자격이 적용된다.
질병휴직 중 건강보험료가 너무 많을 때 분할납부가 가능한가?
가능하다. 건강보험 납입유예 해지 후 정산금이 크면 공단에 분할납부 신청서를 제출해 최대 10회까지 나눠 납부할 수 있다.
특히 장기 휴직자의 경우 정산액이 수십만 원에서 수백만 원까지 나올 수 있으므로 복직 직후 재정 부담을 줄이려면 분할납부를 적극 활용하는 게 좋다.
국민연금 납부예외 신청이 거절되는 이유는 뭘까?
질병휴직이라도 급여가 일부 지급되는 유급휴직이면 납부예외 승인이 되지 않는다.
또한 신청 시점이 늦어도 거절 사유가 된다.
휴직 시작월의 다음 달 15일까지 신청해야 소급적용이 가능하며,이 기한을 넘기면 그 달은 납부 대상 월로 남는다.
질병휴직 중 상병수당을 받으면 4대보험 납부유예도 자동으로 되는가?
아니다. 상병수당은 치료기간 중 소득을 보전해주는 별도 제도일 뿐, 4대보험 납부유예나 예외 신청과는 무관하다.
따라서 상병수당을 받더라도 건강보험 납입고지 유예 신청, 국민연금 납부예외 신청은 각각 따로 해야 한다.
질병휴직 중 급여 대신 복리후생비(식대, 자녀학자금 등)가 나오면 보수로 보나?
복리후생 항목 중 일부는 보수로 인정될 수 있다.
특히 비과세 식대나 정기적 수당처럼 근로계약에 따라 정기 지급되는 금액은 보수월액 산정에 포함되어 보험료가 부과될 수 있다.
휴직 중 실비성 복리후생만 지급되는 경우는 예외로 볼 수 있으므로 회계·급여 담당자와 항목별로 구분해두는 게 안전하다.
질병휴직이 길어져 해외에서 치료받을 경우, 건강보험은 어떻게 되나?
장기 해외치료로 국내 진료를 받지 않는 경우에는 건강보험 자격 정지 신청이 가능하다.
단, 출입국 사실증명서와 진단서 등 해외치료 입증서류를 제출해야 하며, 자격 정지 기간 동안은 보험료 부과가 중단된다.
귀국 후 복직 시 자격이 자동 복원되지만, 유예·정지기간이 겹치면 정산 기준일을 공단과 조율해야 한다.
질병휴직 중 회사가 폐업하면 4대보험은 어떻게 처리되나?
사업장이 폐업하면 건강보험과 국민연금 자격이 자동 상실된다.
하지만 휴직 중이라면 유예 해지신청이 미리 처리되어야 정산이 정상 반영된다.
폐업신고 전에 건강보험 유예 해지부터 완료하고,
그 후 상실신고가 들어가야 복직 시 정산 누락을 피할 수 있다.
질병휴직 중 고용보험 피보험자격은 유지되나?
유지된다. 휴직 기간 동안 근로 제공이 없더라도 고용관계 자체가 유지되는 한 피보험 자격은 계속 이어진다.
따라서 질병휴직은 실업급여 자격단절 사유가 아니며, 퇴사 후 이직확인서에 질병휴직 기간을 명시하면 기준기간이 연장된다.
질병휴직 중 국민연금 납부예외 기간은 나중에 추후납이 가능한가?
가능하다. 국민연금공단은 납부예외 기간을 추후납 제도로 보완할 수 있게 되어 있다.
복직 후 일정 기간 내에 신청하면 예외기간 동안 납부하지 못한 금액을 추후에 납부하여 연금 가입기간을 다시 채울 수 있다.
단, 신청 시점의 이자율이 반영되므로 금액이 다소 증가할 수 있다.
질병휴직 중 퇴사할 때 신고 순서를 잘못하면 어떻게 되나?
가장 흔한 실수다.
‘해지신청 없이 상실신고만 한 경우’, 건강보험 시스템상 자격 상실이 반려되며
퇴사자 처리도 멈춘다.
반드시 ① 납입유예 해지신청 → ② 상실신고 → ③ 이직확인서 제출
이 순서로 해야 정상 승인된다.
이 과정을 잘못 밟으면 보험료 과부과나 미정산이 발생할 수 있다.
